Le paludisme est une maladie « parasitaire », c’est-à-dire liée à un pathogène vivant aux dépens de l’organisme qu’il infecte. Ici, le parasite en cause est le Plasmodium. Plusieurs espèces de Plasmodium sont à l’origine du paludisme : le plus répandu et le plus dangereux est Plasmodium falciparum, les autres sont moins fréquents et responsables d’infections généralement moins sévères, à l’exception de Plasmodium knowlesi.
Le Plasmodium est transmis à l’Homme par la piqûre d’un moustique femelle, l’Anophèle. Une fois dans le sang, le parasite va dans les cellules du foie pour s’y multiplier. Les nouveaux micro-organismes produits s’attaquent ensuite aux globules rouges, dans lesquels, là encore, ils se multiplient. Cette infection fait exploser les cellules sanguines. Les parasites recolonisent le moustique lorsqu’une personne malade est piquée. Ce moustique peut ensuite transmettre la pathologie.
Selon le site de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), dans les pays les plus touchés, la transmission du parasite peut aussi avoir lieu au cours de transfusions sanguines ou de la mère à l’enfant à la fin d’une grossesse.